MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Candidatus Carsonella ruddii DC

Total Repeats: 269

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021894	TTA	2	6	9028	9033	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_021894	TA	3	6	9039	9044	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_021894	T	7	7	9065	9071	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_021894	ATA	2	6	9072	9077	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_021894	TTA	2	6	9089	9094	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_021894	TA	3	6	9100	9105	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_021894	T	7	7	9126	9132	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_021894	ATA	2	6	9133	9138	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_021894	TTA	2	6	9150	9155	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_021894	TA	3	6	9161	9166	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_021894	T	6	6	9197	9202	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_021894	TTTA	2	8	9213	9220	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_021894	T	8	8	9235	9242	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_021894	A	8	8	14076	14083	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_021894	ATT	2	6	14096	14101	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_021894	TTAA	2	8	14102	14109	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_021894	A	6	6	14108	14113	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_021894	A	6	6	14128	14133	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_021894	T	8	8	14134	14141	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_021894	A	11	11	14152	14162	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_021894	TAAA	3	12	14164	14175	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_021894	T	6	6	14179	14184	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_021894	A	6	6	22532	22537	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_021894	TAA	2	6	37313	37318	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_021894	TCGT	2	8	37323	37330	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
26	NC_021894	TAGG	2	8	37334	37341	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
27	NC_021894	A	7	7	37361	37367	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_021894	AGT	2	6	42556	42561	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
29	NC_021894	ATC	2	6	42589	42594	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_021894	ATGA	2	8	42595	42602	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
31	NC_021894	TA	3	6	42622	42627	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_021894	ATT	2	6	42632	42637	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_021894	T	11	11	42644	42654	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_021894	T	7	7	49731	49737	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_021894	A	6	6	49740	49745	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_021894	TAAT	2	8	49779	49786	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_021894	TAA	3	9	49801	49809	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_021894	A	11	11	49814	49824	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_021894	TGA	2	6	49843	49848	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
40	NC_021894	ATT	2	6	49861	49866	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_021894	A	8	8	55399	55406	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_021894	T	7	7	55420	55426	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_021894	T	7	7	55428	55434	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_021894	T	6	6	55439	55444	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_021894	ATTT	2	8	55448	55455	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_021894	AAT	2	6	55462	55467	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_021894	T	6	6	55472	55477	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_021894	TTAA	2	8	55487	55494	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_021894	TAT	2	6	55505	55510	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_021894	TAGTT	2	10	55609	55618	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
51	NC_021894	TAA	2	6	55676	55681	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_021894	TAA	2	6	55698	55703	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_021894	A	8	8	55735	55742	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_021894	TAA	2	6	55743	55748	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_021894	T	7	7	55762	55768	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_021894	T	9	9	55778	55786	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_021894	A	9	9	55787	55795	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_021894	TAATT	2	10	60328	60337	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_021894	GCAA	2	8	60355	60362	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
60	NC_021894	GGT	2	6	63915	63920	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
61	NC_021894	GCT	2	6	64036	64041	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_021894	T	6	6	64085	64090	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_021894	GAT	2	6	64094	64099	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
64	NC_021894	GATAT	2	10	64119	64128	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
65	NC_021894	TTAG	2	8	64153	64160	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
66	NC_021894	TTA	2	6	64169	64174	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_021894	TAT	2	6	64175	64180	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_021894	T	7	7	64189	64195	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_021894	T	7	7	64209	64215	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_021894	TAAT	2	8	64228	64235	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_021894	T	8	8	64235	64242	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_021894	AAT	2	6	65039	65044	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_021894	A	7	7	65059	65065	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_021894	TA	3	6	65070	65075	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_021894	A	16	16	65081	65096	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_021894	A	8	8	71614	71621	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_021894	GTAG	2	8	75612	75619	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
78	NC_021894	TTTA	2	8	75661	75668	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_021894	ATT	2	6	75674	75679	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_021894	A	6	6	79880	79885	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_021894	TAA	2	6	79900	79905	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_021894	ATTT	2	8	79909	79916	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_021894	CTAT	2	8	80030	80037	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
84	NC_021894	A	8	8	80038	80045	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_021894	AAAAT	2	10	80055	80064	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_021894	T	7	7	95340	95346	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_021894	T	6	6	95359	95364	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_021894	A	9	9	95369	95377	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_021894	ATACCT	2	12	95386	95397	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_021894	TGA	2	6	95641	95646	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
91	NC_021894	TAT	2	6	95663	95668	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_021894	ATT	2	6	95706	95711	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_021894	T	6	6	95710	95715	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_021894	T	6	6	95725	95730	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_021894	AAG	2	6	95750	95755	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
96	NC_021894	TATTT	2	10	95769	95778	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_021894	T	6	6	95776	95781	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_021894	T	7	7	95802	95808	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_021894	TAA	2	6	95817	95822	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_021894	GAG	2	6	95852	95857	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
101	NC_021894	A	12	12	95880	95891	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_021894	T	6	6	95893	95898	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_021894	TAA	2	6	95906	95911	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_021894	TAT	2	6	95915	95920	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_021894	ATT	2	6	95925	95930	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_021894	TAATAT	2	12	95936	95947	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_021894	TAT	3	9	95945	95953	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_021894	T	6	6	95958	95963	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_021894	A	11	11	97589	97599	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_021894	TAA	2	6	103786	103791	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_021894	A	6	6	103796	103801	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_021894	A	8	8	103814	103821	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_021894	ATA	2	6	103825	103830	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_021894	TAA	2	6	103844	103849	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_021894	TAAT	2	8	103855	103862	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_021894	T	6	6	103894	103899	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_021894	TAG	2	6	106949	106954	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
118	NC_021894	TGT	2	6	107042	107047	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
119	NC_021894	TAT	2	6	107051	107056	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_021894	TTG	2	6	107069	107074	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
121	NC_021894	TAT	2	6	109766	109771	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_021894	TTA	2	6	110698	110703	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_021894	AAT	2	6	110704	110709	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_021894	TACAAA	2	12	112502	112513	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
125	NC_021894	ATA	2	6	112542	112547	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_021894	AAT	2	6	120856	120861	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_021894	ATT	2	6	120922	120927	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_021894	CAT	2	6	120994	120999	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_021894	T	6	6	121016	121021	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_021894	AAG	2	6	121032	121037	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
131	NC_021894	CAA	2	6	121040	121045	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_021894	ATTT	2	8	121057	121064	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_021894	AGT	2	6	121094	121099	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
134	NC_021894	ACC	2	6	121149	121154	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
135	NC_021894	ACG	2	6	121243	121248	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
136	NC_021894	CTCCAG	2	12	121307	121318	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
137	NC_021894	TGA	2	6	121323	121328	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
138	NC_021894	CTC	2	6	121557	121562	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
139	NC_021894	AGG	2	6	121574	121579	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
140	NC_021894	CA	3	6	121605	121610	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
141	NC_021894	AAAT	2	8	121632	121639	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_021894	AAT	2	6	121649	121654	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_021894	CAATTT	2	12	121814	121825	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
144	NC_021894	CAT	2	6	121855	121860	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
145	NC_021894	GCC	2	6	121930	121935	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
146	NC_021894	TTA	2	6	121950	121955	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_021894	TAA	2	6	122057	122062	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_021894	A	6	6	122102	122107	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_021894	AAT	2	6	122115	122120	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_021894	TCT	2	6	122129	122134	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
151	NC_021894	GTAC	2	8	122228	122235	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
152	NC_021894	ATT	2	6	122242	122247	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_021894	TTG	2	6	122264	122269	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
154	NC_021894	TAA	2	6	122279	122284	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
155	NC_021894	TAAT	2	8	122292	122299	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
156	NC_021894	A	8	8	122301	122308	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
157	NC_021894	ATT	2	6	122325	122330	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
158	NC_021894	T	6	6	122360	122365	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
159	NC_021894	CCATT	2	10	122387	122396	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
160	NC_021894	ATC	2	6	122485	122490	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
161	NC_021894	ATTT	2	8	122581	122588	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
162	NC_021894	TAA	2	6	122591	122596	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
163	NC_021894	TCT	2	6	122598	122603	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
164	NC_021894	CTC	2	6	122619	122624	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
165	NC_021894	AAT	2	6	122634	122639	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
166	NC_021894	ATC	2	6	122688	122693	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
167	NC_021894	CTTT	2	8	122714	122721	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
168	NC_021894	GCT	2	6	122730	122735	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
169	NC_021894	ATT	2	6	122763	122768	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
170	NC_021894	GTT	2	6	122821	122826	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
171	NC_021894	TG	3	6	122857	122862	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
172	NC_021894	TAA	2	6	122870	122875	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
173	NC_021894	A	7	7	122874	122880	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
174	NC_021894	GAG	2	6	122977	122982	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
175	NC_021894	ATC	2	6	123029	123034	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
176	NC_021894	TCC	2	6	123064	123069	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
177	NC_021894	TAT	2	6	123126	123131	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
178	NC_021894	CTA	2	6	123170	123175	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
179	NC_021894	ATA	2	6	123195	123200	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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181	NC_021894	TA	3	6	123261	123266	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
182	NC_021894	TAC	2	6	123392	123397	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
183	NC_021894	ATA	2	6	123414	123419	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
184	NC_021894	A	6	6	123432	123437	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
185	NC_021894	A	7	7	123439	123445	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
186	NC_021894	GTTA	2	8	123462	123469	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
187	NC_021894	TAT	2	6	123480	123485	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
188	NC_021894	AT	4	8	123496	123503	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
189	NC_021894	TCGC	2	8	123521	123528	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
190	NC_021894	ACT	2	6	123530	123535	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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192	NC_021894	TAG	2	6	123618	123623	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
193	NC_021894	TA	3	6	123703	123708	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
194	NC_021894	T	9	9	123714	123722	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
195	NC_021894	AATT	2	8	123731	123738	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
196	NC_021894	ATCAAA	2	12	123744	123755	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
197	NC_021894	AT	3	6	123764	123769	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
198	NC_021894	TAT	3	9	123767	123775	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
199	NC_021894	GT	3	6	123893	123898	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
200	NC_021894	AAT	2	6	123997	124002	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
201	NC_021894	GT	3	6	124063	124068	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
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214	NC_021894	A	9	9	124459	124467	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
215	NC_021894	TAA	2	6	124481	124486	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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219	NC_021894	TAA	2	6	124699	124704	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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231	NC_021894	GTT	2	6	125008	125013	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
232	NC_021894	AAC	2	6	125063	125068	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
233	NC_021894	TA	3	6	125156	125161	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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251	NC_021894	ATA	2	6	162645	162650	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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265	NC_021894	A	6	6	172419	172424	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
266	NC_021894	A	6	6	172430	172435	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
267	NC_021894	TAA	2	6	173225	173230	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
268	NC_021894	A	7	7	173262	173268	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
269	NC_021894	T	11	11	173996	174006	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.